Nasce a Montà, frazione di Padova, il 27 maggio 1838, da un piccolo commerciante di nome Antonio, di origine friulana e da Maddalena Marini.

Raccomandato dall'arcivescovo di Udine all'imperatrice Maria Anna di Savoia, moglie dell'imperatore Ferdinando J, studia all'Accademia Militare di Wiener Neustadt. Dopo aver combattuto valorosamente
nel 1866 contro i Prussiani sul fronte boemo, si congeda e ritorna in Italia.

Prosegue la carriera militare nell'esercito italiano, meritando fiducia e apprezzamento, nonostante non manchi chi lo chiami "il generale austriaco". Nel novembre del 1887 fa parte come generale della spedizione in Eritrea, sotto il comando di Alessandro Asinari di San Marzano. Consolidata la colonia, viene nominato Governatore con solo seimila soldati. Si dimostra eccellente amministratore facendo costruire strade, ospedali, ponti, servizio postale e bancario. Crea il primo reparto regolare di soldati indigeni, detti Ascari; ma non accontenta le mire imperialistiche di Crispi, limitandosi nell'89 all'occupazione pacifica di Cheren e di Asmara, ritenendo pericoloso un conflitto con l'Abissinia. Per tale comportamento è sostituito dal generale Oreste Baratieri.

Dopo il massacro del maggiore Pietro Toselli e del suo battaglione all'Amba Alagi (7 dicembre 1895), la caduta del forte di Macallè eroicamente difeso dal maggiore Giuseppe Galliano (18 gennaio 1896) e infine il disastro di Adua (l marzo 1896), Baldissera sbarca a Massaua il 4 marzo, a tre giorni da quella carneficina che era costata quasi settemila morti all'esercito italiano. Mentre Barattieri è sottoposto a processo, egli riorganizza le truppe demoralizzate.

Usa la tattica del temporeggiatore. Anzitutto, per assicurarsi a nord, invia tremila Ascari al comando del colonnello F.Stevani contro i Dervisci, che sono sconfitti a Tucruf il 3 aprile. Dopo aver ottenuto
la restituzione dei prigionieri di Adua per pagamento, attacca gli Abissini assedianti il forte di Adigrat e libera i millequattrocento soldati italiani rimasti nella difesa ad oltranza. Per l'avvicinarsi della stagione delle piogge, non vuole inseguire il nemico, proponendosi di cancellare successivamente l'onta di Adua; ma il nuovo governo Di Rudinì decide di sostituire i governatori militari con quelli civili. Nel maggio del '96 ritorna definitivamente in Italia. Nel 1904 è nominato senatore. 

Si spegne a Firenze l' 8 gennaio 1917.